El Ministerio de Gobierno tiene bajo su mando a diversas entidades que atienden los ámbitos de administración de justicia, democracia, gobernabilidad y protección civil, cuyos enlaces se muestran en el siguiente listado:
Organización Central
Viceministerio de Gobierno
Viceministerio de Asuntos Indígenas
Secretaría General
Dirección de Administración y Finanzas
Oficina de Planificación
Oficina Institucional de Recursos Humanos
Oficina de Auditoría Interna
Oficina de Infraestructura y Mantenimiento
Oficina de Relaciones Públicas
Oficina de Asesoría Legal
Oficina de Informática
Oficina de Equiparación de Oportunidades
Dirección Nacional para la Prevención de la Delincuencia Juvenil
Protección Civil
Dirección General del Sistema Nacional de Protección Civil
Centro Logístico Regional de Asistencia Humanitaria (CLRAH)
Administración de Justicia
Instituto de Estudios Interdisciplinarios – IEI
Dirección General del Sistema Penitenciario
Oficina Nacional para la Atención de Refugiados ONPAR
Oficina para la Ejecución de los Tratados de Asistencia Legal Mutua y Cooperación Internacional TALM
Dirección de Resolución Alterna de Conflictos
Democracia y Gobernabilidad
Dirección de Medios de Comunicación Social
Dirección de Correos y Telégrafos – COTEL
Banda Republicana
Comisión Nacional de los Símbolos Patrios
Oficina de Coordinación Nacional de Gobernaciones
- Gobernación de la provincia de Bocas del Toro
- Gobernación de la provincia de Coclé
- Gobernación de la provincia de Colón
- Gobernación de la provincia de Chiriquí
- Gobernación de la provincia de Darién
- Gobernación de la comarca Guna Yala
- Gobernación de la provincia de Herrera
- Gobernación de la provincia de Los Santos
- Gobernación de la provincia de Panamá
- Gobernación de la provincia de Panamá Oeste
- Gobernación de la provincia de Veraguas
- Gobernación de la comarca Emberá Wounaan
- Gobernación de la comarca Ngäbe Buglé