El Instituto de Estudios Interdisciplinarios, creado mediante la Ley No. 40 del 26 de agosto de 1999, tiene la siguiente misión y visión:
Misión
Administrar, estudiar, investigar y emplear las ciencias sociales con la cooperación de varias disciplinas para diagnosticar necesidades, problemas y aplicar métodos científicos, a través de programas que le permita desarrollar al máximo sus capacidades, fundamentado en principios y valores sociales que contribuyan a la integración social de los adolescentes que se encuentren en conflicto con la Ley Penal, cuya esencia es la educación, dándole herramientas para la integración social y nuevas habilidades para la vida.
Visión
Instituto creado con la responsabilidad de administrar y brindar los servicios y mecanismos de protección necesarios, aplicando las ciencias sociales para el cumplimiento de los fines de la sanción, enmarcados dentro del principio de especialidad establecido por la Ley y en estándar internacional de derechos humanos para el tratamiento de los adolescentes en conflicto con la Ley 40 Penal que contribuya a educar, insertar e integrar a la sociedad para la vida.